MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC plasmid pRKC30SC2

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015218	GAAA	2	8	58	65	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015218	AAC	2	6	106	111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015218	TGT	2	6	117	122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015218	TAG	2	6	130	135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015218	T	6	6	179	184	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015218	AAT	2	6	261	266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015218	TTTA	2	8	268	275	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015218	AAGA	2	8	342	349	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015218	AGAAA	2	10	364	373	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015218	ATG	2	6	381	386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015218	T	7	7	395	401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015218	CAT	2	6	416	421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015218	T	7	7	425	431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015218	AT	3	6	455	460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015218	GA	3	6	489	494	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015218	GAA	2	6	570	575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955705
17	NC_015218	TGT	2	6	624	629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
18	NC_015218	GAC	2	6	655	660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955705
19	NC_015218	GTT	2	6	697	702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
20	NC_015218	AAT	2	6	713	718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955705
21	NC_015218	AGAA	2	8	723	730	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015218	CAG	2	6	836	841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955706
23	NC_015218	AAGA	2	8	889	896	75 %	0 %	25 %	0 %	325955706
24	NC_015218	ATG	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955706
25	NC_015218	AAT	2	6	992	997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955706
26	NC_015218	TTA	2	6	1002	1007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015218	TTCCC	2	10	1039	1048	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_015218	T	7	7	1050	1056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015218	TGC	2	6	1233	1238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955707
30	NC_015218	CATTG	2	10	1323	1332	20 %	40 %	20 %	20 %	325955708
31	NC_015218	AC	3	6	1417	1422	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015218	GC	3	6	1502	1507	0 %	0 %	50 %	50 %	325955709
33	NC_015218	AGCTTT	2	12	1571	1582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325955709
34	NC_015218	A	6	6	1593	1598	100 %	0 %	0 %	0 %	325955709
35	NC_015218	TAAA	2	8	1702	1709	75 %	25 %	0 %	0 %	325955709
36	NC_015218	ATT	2	6	1711	1716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955709
37	NC_015218	GAA	2	6	1751	1756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
38	NC_015218	ACATT	2	10	1811	1820	40 %	40 %	0 %	20 %	325955709
39	NC_015218	GC	4	8	1839	1846	0 %	0 %	50 %	50 %	325955709
40	NC_015218	AGA	2	6	1907	1912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
41	NC_015218	TA	3	6	1938	1943	50 %	50 %	0 %	0 %	325955709
42	NC_015218	CGATGC	2	12	1991	2002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325955709
43	NC_015218	ATA	2	6	2044	2049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955709
44	NC_015218	CTA	2	6	2092	2097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
45	NC_015218	TAC	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
46	NC_015218	AATT	2	8	2282	2289	50 %	50 %	0 %	0 %	325955709
47	NC_015218	TTA	2	6	2340	2345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955710
48	NC_015218	ATA	2	6	2431	2436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955710
49	NC_015218	AAG	2	6	2505	2510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955710
50	NC_015218	ACT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
51	NC_015218	CAA	2	6	2571	2576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955710
52	NC_015218	ATC	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
53	NC_015218	TGT	3	9	2594	2602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955710
54	NC_015218	GCT	2	6	2646	2651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955710
55	NC_015218	CAAAA	2	10	2758	2767	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015218	TGCC	2	8	2775	2782	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015218	GCG	2	6	2785	2790	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015218	GAA	2	6	2795	2800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015218	ATC	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015218	C	6	6	2823	2828	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
61	NC_015218	G	6	6	2839	2844	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015218	TATC	2	8	2895	2902	25 %	50 %	0 %	25 %	325955711
63	NC_015218	ACA	2	6	3009	3014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
64	NC_015218	CAAAT	2	10	3017	3026	60 %	20 %	0 %	20 %	325955711
65	NC_015218	TCA	2	6	3045	3050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955711
66	NC_015218	TGA	2	6	3117	3122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
67	NC_015218	GTC	2	6	3138	3143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
68	NC_015218	GCA	2	6	3278	3283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955711
69	NC_015218	GGAC	2	8	3362	3369	25 %	0 %	50 %	25 %	325955711
70	NC_015218	GAAA	2	8	3428	3435	75 %	0 %	25 %	0 %	325955711
71	NC_015218	A	6	6	3463	3468	100 %	0 %	0 %	0 %	325955711
72	NC_015218	TCG	2	6	3516	3521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
73	NC_015218	T	6	6	3523	3528	0 %	100 %	0 %	0 %	325955711
74	NC_015218	TTAC	2	8	3580	3587	25 %	50 %	0 %	25 %	325955711
75	NC_015218	ATTT	2	8	3589	3596	25 %	75 %	0 %	0 %	325955711
76	NC_015218	TGG	2	6	3641	3646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955711
77	NC_015218	AAAG	2	8	3688	3695	75 %	0 %	25 %	0 %	325955711
78	NC_015218	TGA	2	6	3709	3714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
79	NC_015218	CAA	2	6	3734	3739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
80	NC_015218	AAG	2	6	3774	3779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955711
81	NC_015218	GGCT	2	8	3908	3915	0 %	25 %	50 %	25 %	325955712
82	NC_015218	CGA	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
83	NC_015218	T	6	6	4126	4131	0 %	100 %	0 %	0 %	325955712
84	NC_015218	ATT	2	6	4231	4236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955712
85	NC_015218	T	6	6	4282	4287	0 %	100 %	0 %	0 %	325955712
86	NC_015218	CGA	2	6	4299	4304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
87	NC_015218	AAGTTC	2	12	4427	4438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	325955712
88	NC_015218	TAC	2	6	4450	4455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
89	NC_015218	TAC	2	6	4459	4464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
90	NC_015218	TGA	2	6	4467	4472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955712
91	NC_015218	GTTG	2	8	4491	4498	0 %	50 %	50 %	0 %	325955712
92	NC_015218	AAG	2	6	4517	4522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
93	NC_015218	AGA	2	6	4546	4551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
94	NC_015218	T	6	6	4642	4647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015218	TTCG	2	8	4660	4667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015218	TC	3	6	4685	4690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015218	CAAA	2	8	4779	4786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015218	ATT	3	9	4804	4812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015218	TTC	2	6	4830	4835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015218	AAT	2	6	4858	4863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015218	T	7	7	4871	4877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015218	CA	3	6	4892	4897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015218	A	7	7	4897	4903	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015218	ATTT	2	8	4918	4925	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015218	T	7	7	4923	4929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015218	AGC	2	6	5016	5021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955713
107	NC_015218	GTA	2	6	5026	5031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
108	NC_015218	ATT	2	6	5064	5069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955713
109	NC_015218	GAT	2	6	5080	5085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
110	NC_015218	AGA	2	6	5127	5132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
111	NC_015218	TAC	2	6	5168	5173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955713
112	NC_015218	AAG	2	6	5236	5241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
113	NC_015218	TACC	2	8	5278	5285	25 %	25 %	0 %	50 %	325955713
114	NC_015218	AAG	2	6	5302	5307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
115	NC_015218	A	6	6	5314	5319	100 %	0 %	0 %	0 %	325955713
116	NC_015218	AAT	2	6	5459	5464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955713
117	NC_015218	GTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015218	TG	3	6	5500	5505	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015218	GGTTA	2	10	5528	5537	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015218	GA	3	6	5596	5601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015218	GTT	2	6	5649	5654	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015218	AT	3	6	5720	5725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015218	T	6	6	5774	5779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015218	A	6	6	5868	5873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015218	T	6	6	5940	5945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015218	CT	3	6	6009	6014	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
127	NC_015218	TAC	2	6	6061	6066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
128	NC_015218	TCA	2	6	6102	6107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
129	NC_015218	AAT	2	6	6116	6121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
130	NC_015218	TAT	2	6	6124	6129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
131	NC_015218	TCT	2	6	6151	6156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955714
132	NC_015218	TC	3	6	6245	6250	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
133	NC_015218	TTA	2	6	6280	6285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
134	NC_015218	TC	3	6	6331	6336	0 %	50 %	0 %	50 %	325955714
135	NC_015218	CTC	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325955714
136	NC_015218	TA	3	6	6430	6435	50 %	50 %	0 %	0 %	325955714
137	NC_015218	CAT	2	6	6436	6441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
138	NC_015218	AT	3	6	6528	6533	50 %	50 %	0 %	0 %	325955714
139	NC_015218	AATC	2	8	6571	6578	50 %	25 %	0 %	25 %	325955714
140	NC_015218	CAAAG	2	10	6602	6611	60 %	0 %	20 %	20 %	325955714
141	NC_015218	TAT	2	6	6739	6744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
142	NC_015218	TAA	2	6	6770	6775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
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268	NC_015218	TTA	2	6	11908	11913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_015218	CAA	2	6	12234	12239	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_015218	TAA	2	6	12262	12267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_015218	TAT	2	6	12274	12279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_015218	GTA	2	6	12283	12288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_015218	A	7	7	12314	12320	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_015218	AT	3	6	12359	12364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_015218	CTA	2	6	12373	12378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
284	NC_015218	AT	3	6	12381	12386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_015218	TTTGA	2	10	12426	12435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_015218	TG	3	6	12478	12483	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
287	NC_015218	AGGC	2	8	12542	12549	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
288	NC_015218	ATGTG	2	10	12554	12563	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.